9月5日晚間，深交所中小板公司管理部針對科迪乳業2019年半年報下發問詢函，要求其說明在公司擁有17.53億元貨幣資金的情況下未能如期償還奶農奶款的原因，以及公司貨幣資金是否存在被控股股東或關聯人挪用的情形。而此前半年報發布時，就有3名獨立董事表示無法保證財報內容的真實性。

半年報顯示，截至2019年6月30日，科迪乳業貨幣資金余額為17.53億元，卻未如約向奶農支付第二筆拖欠奶款。對此，深交所要求科迪乳業說明賬戶資金充裕的情況下未能償還奶款的原因，是否存在資金被控股股東或其關聯人挪用的情形等。

此前公告顯示，科迪乳業應付奶款合計為1.13億元。根據科迪乳業與奶農達成的還款協議，科迪乳業承諾將分批次結清所有奶款，具體安排為：8月10日前結清10%，8月31日前結清15%，9月15日前結清25%，剩余50%奶款將在此后3個月內還清。

然而，有奶農向新京報記者透露，科迪乳業在支付承諾的首筆奶款后再次食言，奶農在8月31日并未等來第二筆奶款，截至9月5日仍未到賬。9月2日，科迪乳業給現場奶農的解釋是“沒錢”。“昨天(9月4日)我們得到的消息是，科迪乳業要給政府抵押東西，獲得1400萬資金。”

除未如約支付拖欠奶款，科迪乳業多項經營數據也變化異常。截至2019年6月底，科迪乳業應收票據余額為1.59億元，較期初增長724%;母公司購買商品、接受勞務支付的現金金額為2.88億元，同比下降57%;母公司應付賬款余額為2.45億元，較期初增長63%。對此，深交所要求科迪乳業對相關數據“大漲大降”進行合理說明。